Struktur Organisasi UPT Puskesmas Pantai Raja ditetapkan berdasarkan Peraturan Bupati Kampar Nomor 31 Tahun 2025 tentang Pembentukan Unit Pelaksana Teknis Daerah pada Dinas Kesehatan Kabupaten Kampar.

UPT Puskesmas Pantai Raja dipimpin oleh Kepala Puskesmas dan dibantu oleh Penanggung Jawab Klaster.

Kepala UPT Puskesmas Pantai Raja      : Aep Saepudin, SKM

PJ Klaster I (Manajemen)                        : Rosadi, SKM

PJ Klaster II (Ibu, Anak, dan Remaja)     : dr. Yunita Sari

PJ Klaster III (Dewasa dan Lansia)         : Ns. Nurfida, S.Kep

PJ Klaster IV (Surveilans dan Kesling)    : Ns. Utin Ruspendi, S.Kep

PJ Lintas Klaster (Layanan Pendukung) : dr. Mhd. Ikhsan