Sama hal-nya dengan rumah sakit, berdasarkan Keputusan Menteri Kesehatan No. 1204/Menkes/SK/X2004, baik Klinik kesehatan dan Puskesmas diwajibkan memiliki Instalasi Pengolahan Air Limbah (IPAL) cair sendiri sebelum dibuang ke lingkungan.

Namun bila dibandingkan dengan IPAL rumah sakit, IPAL yang dibangun untuk Klinik dan Puskesmas memiliki karakteristik berbeda dilihat dari beberapa poin, seperti kapasitas limbah yang diolah, ketersediaan lahan, dan juga kemampuan pendanaan yang dimiliki.

Di UPT Puskesmas Pantai Raja, pengelolaan limbah bahan berbahaya (B3) dilakukan oleh Tenaga Kesehatan Lingkungan atau Sanitarian UPT Puskesmas Pantai Raja.

Sementara itu, penting bagi Puskesmas untuk melakukan pemantauan dan inspeksi rutin terhadap fasilitas IPAL untuk memastikan bahwa fasilitas tersebut beroperasi secara efektif dan efisien.